Akdeniz Politikalar Merkezi’nin hedefleri aşağıdaki gibidir;

· Değişim ve dönüşüme katkıda bulunacak özerk bilimsel ve saygın çalışmaların yapılması için saha yaratmak

· Bilgi ve bilim temelli yaklaşımların teşvik edilmesine olanak sağlamak

· Sosyal bilimler ışığında araştırmalar yapmak

· Sorunların ve ihtiyaçların saptanmak analiz etmek

· Stratejik hedefler belirlemek

· Sürdürülebilir yapı ve kalkınma doğrultusunda üretimin ve istihdamın yaratılması projelerine destek vermek

· Veri tabanı oluşturmak

· Kamu politikalara alternatifler yaratmak

· Eğitimler vermek

· Danışmanlık hizmetleri sunmak

· Katılımcığı teşvik etmek ve demokrasinin gelişmesine katkıda bulunmak

· Entelektüeller , kurum,kuruluşlar ve sivil toplum örgütleri ile diyalog kurmak, işbirliği sağlamak,projeler yürütmek,ağ oluşturmak, yerel ve uluslar arası işbirliklerinin güçlenmesi doğrultusunda katkıda bulunmak

· Sivil Toplum Örgütlerinin güçlenmesi, kapasite artırımı ve hak arayışı, savunuculuk yapma, karar alma mekanizmaları üzerindeki etkilerinin artırılmasını teşvik etmek

· Barış inşaası,cinsiyet eşitliği,insan hakları,gençlik ve çocuk politikalarında hassasiyetle çalışmalar yürütmek

· Yurt dışında benzer kuruluş ve bilim adamları ile yürütülecek çalışmaların geliştirilmesi için proje bazında çalışmak

Akdeniz Politikalar Merkezi, yerel ve uluslar arası alanda faaliyet gösteren kuruluşlarla güçlü ortaklıklar kurmaya,projeler geliştirmeye ve hedefleri doğrultusunda çalışmalar yürütmeye önem vermektedir.